Nella sacrestia lo sguardo del visitatore è subito attratto dallo splendido polittico (m 2,75 x 2,50) commissionato dai tre figli di Pietro Pesaro, e cioè Benedetto, Nicolò e Marco, al pittore Giovanni Bellini. L’artista raffigura l’abside di una chiesa a volta di botte dorata, ma racchiusa da una pala in legno dorato per cui la cornice diventa il termine dell’architettura ed il punto dove i due mondi, quello sacro e quello profano, si incontrano e coincidono. Colori e volti affascinano: dal blu del manto della Madonna, alle chiazze di rosso, giallo e marrone; dai gialli e marroni degli abiti, delle ali, dei capelli degli angeli, alle venature dei gradini marmorei. Nello scomparto centrale del trittico, La Vergine seduta tiene tra le mani il Bambino che solleva il braccio in atto benedicente. La prospettiva è perfetta, tanto che la Vergine sembra staccata dal fondo. Le due lesene sorreggono il soffitto dell’ambiente aperto di lato dove sono posti i Santi e, nonostante i limiti imposti dalla forma del trittico, la spazialità è suggerita da una sottile striscia di paesaggio nei due lati estremi. Lo sguardo della Madonna è dolcissimo. Belli ed incisivi i due angeli musicanti ai piedi della Vergine: uno tiene tra le mani il flauto e l’altro il liuto. Nel catino d’oro, anche l’artista rivolge la sua preghiera alla Madonna con la scritta “Ianua certa poli, duc mentem, dirige vitam, quae peragam commissa tuae sint omnia curae”. (Sicura porta del cielo, illumina la mente, dirigi la vita, a te affido ogni mia azione). Bellissima anche la cornice che racchiude il dipinto. Disegnata, con ogni probabilità dal Bellini, fu poi intagliata da Jacopo da Faenza (sec. XV) ed è in perfetta sintonia con il dipinto.