A sinistra dell’altare maggiore è posto il Crocifisso duecentesco: opera pittorica commissionata nella seconda metà del Duecento per essere appesa al centro del presbiterio della seconda chiesa. Nel secolo XIX il Cristo era stato ridipinto secondo i canoni del tempo e dal 1825 si trovava appeso sopra la porta laterale del braccio sinistro del transetto. Poi, probabilmente durante i radicali lavori di restauro e di consolidamento delle fondamenta della basilica, svoltisi dal 1902 al 1915, il Crocifisso ligneo subì un ennesimo trasferimento: da sopra la porta del transetto, a sopra la bussola della porta della cappella di S. Pietro. Oggi, l’opera appare mutilata dei trilobi, posti alle estremità dei bracci della croce; sono scomparse le figure dipinte, ed il Cristo è malamente sagomato con la cancellazione parziale della gamba destra. Nel restauro, sotto il dipinto ottocentesco, emerse uno splendido Cristo crocifisso dipinto a tempera da una mano duecentesca riconducibile, per alcuni critici, ad una Scuola umbra e che tratteggia la figura di un uomo ormai entrato nella morte dopo atroci dolori. Alla croce è appeso un cadavere dissanguato: il suo colore è verdastro. Le ricerche di Clara Santini attribuiscono questa “imponente Croce dipinta […] alla fase iniziale di attività del cosiddetto «Maestro della Cappella Dotto» dell’omonima cappella nella chiesa degli Eremitani a Padova.